정부는 신종 코로나바이러스 감염증 상황에서 일선 학교의 등교를 제한하는 것과 달리 종교시설이 운영하는 미인가 교육시설 등을 허용하는 것에 대해 형평성과 학습권을 고려한 조처라는 입장을 밝혔다.

지침에 따르면 종교시설에서 운영하며 정규학교에 다니지 않는 학생을 대상으로 전일제 수업 형태나 기숙형으로 운영하는 미인가 교육시설은 기숙형 학원과 같은 방역수칙을 적용한다.

반면, 종교시설에서 운영하지만 정규학교에 다니는 학생을 대상으로 보충형 수업 형태 또는 통학형 수업 방식으로 운영하는 미인가 교육시설은 종교시설 방역수칙을 적용해 교습, 소모임 등 대면 활동을 금지한다.