고위공직자범죄수사처가 핵심 업무인 수사와 기소 기능을 분리하는 등 견제와 균형의 원리를 기반으로 한 조직 체계를 편성했다.

특히 공수처는 핵심 업무인 수사·기소·공소유지와 관련해 기능상 상호 견제를 위해 수사부와 공소부를 분리해서 편제했다.

수사부는 총 3개부, 공소부는 1개부로 구성되며, 부장은 공수처 검사가 맡게 된다.