월성 1호기 원전 관련 감사원 감사를 방해한 혐의 등으로 기소된 산업통상자원부 공무원들의 원전 관련 530건 자료 삭제 목록에 '북한 원전 건설 및 남북 에너지 협력' 관련 문건 파일이 다수 포함된 것으로 드러나 또다른 논란이 되고 있다.

대전지검 형사5부에서 진행하는 월성 원전 의혹 사건 수사 방향과는 관련성이 떨어지지만, 온라인을 중심으로는 "정부가 국내에선 탈원전하며 북한에선 원전을 추진했다"는 반응을 내놓고도 있다.

더불어민주당 윤건영 의원은 지난해 11월 23일 '2018년 1차 남북정상회담 직후 산업통상자원부가 북한에 원전을 건설하는 방안을 추진했다'는 일부 언론 보도와 관련, "남북정상회담 어느 순간에도 원전의 '원'자는 없었다"고 밝혔다.